Hab mich schon gewundert seit wann eBooks mehr Filme als Bücher sind 
Also wenn sich nichts fundamental geändert hat, dann ist Calibre alles was Du brauchst: https://calibre-ebook.com/about
Damit kann man alles was man an eBooks lokal hat verwalten, konvertieren und auch an Deinen Kindle senden. Einmal in der Amazon-Cloud kannst du sie von dort auch jederzeit wieder abrufen, falls du sie mal gelöscht hast. Einziger Nachteil, Cover werden nur angezeigt wenn du sie auf dem Gerät hast oder das eBook bei Amazon gekauft wurde, sonst hast Du nur so einen Platzhalter. Ist denke ich aber mehr als in Ordnung.
Amazon selbst verkauft seine Bücher in einem eigenen Format, welches von keinem anderen Reader gelesen werden kann. Praktisch alle anderen verwenden EPUB als hauptsächlichen Dateityp. Wenn nicht irgend ein komischer Schreibschutz verwenden wird, kannst Du aber EPUB ohne Probleme in MOBI umwandeln. Das Format ist etwas älter, funktioniert aber in der Regel einwandfrei und wird von fast allen eBook Readern unterstützt, unter anderem eben auch den Kindle. Also EPUB irgendwo kaufen, in MOBI umwandeln, an Deinen Kindle senden, fertig. Zur Not gehen auch PDF, ist aber nicht wirklich dafür optimiert, würde ich also eher vermeiden.